La historia de la raza comienza en 1895, año en el que se encuentran en Munich tres grandes personajes, Elard König, Rudolf Hogner y Friedrich Roberth, unidos por un ambicioso proyecto:crear el moderno boxer alemán. Es cierto que con anterioridad a esta fecha existían boxers y se utilizaba este nombre (cuyo origen es confuso), pero, al menos convencionalmente, en libros y artículos siempre se considera como la fecha de partida del boxer, raza que nace con auténtica vocación de funcionalidad y modernidad, sin renegar de sus orígenes, tan antiguos como se quiera.
En realidad son dos las ideas dominantes en los primeros criadores, ambas comunes a la emergente y creativa cinofilia alemana de principios de siglo. König, Hogner y Roberth comprendieron claramente que el boxer aleman solo tendría sentido si respondía a las demandas actuales de la sociedad y por lo tanto había que forjarlo de acuerdo con las necesidades del momento, pero con la vista puesta en el futuro, crear al perro del y para el siglo XX.

En el siglo XIX, en Alemania, Países Bajos, Bélgica y el este de Francia existían unos perros de tipo dogo descendientes de los llamados en los antiguos textos Cannis ursiturus (perros de oso) y Cannis porcatoris (perros de jabalí), que no eran, al fin y al cabo, mas que antiguos perros de presa conocidos como "Bullenbeisser", literalmente, " mordedores de toros ". En el Bullenbeisser por aquel tiempo se distinguían dos grandes variedades o tipos, el Dantzing y el Brabante, de menor tamaño y que se usaba sobre todo como perro de agarre en los lances de caza mayor.

Cuando Alemania luchaba por su reunificación a mediados de siglo los Bullenbeisser se habían hecho muy célebres a pesar de que los cambios sociales ya apuntaban su desaparición y estaban dotados de unas cualidades psíquicas y físicas que resultaban muy interesantes para quienes pensaban en una nueva raza que sirviese como perro de guarda y protección y, consecuentemente, de policía. Tenían un valor y decisión fuera de lo común, una fuerza imponente en la boca, que estaba dotada de mandíbulas anchas y potentes, con un prognatismo moderado que les permitía mantener la presa con el menor esfuerzo durante largo tiempo sin producir desgarros. Estos perros pertenecían al mismo tronco que los demás Dogos europeos y se enriquecieron con el aporte genético de razas parecidas, muy especialmente de Bulldog inglés -del tipo antiguo, más parecido a un boxer algo pesado que a un Bulldog moderno-, que llegaron a Alemania, sobre todo a partir de 1820. Baviera y su capital, Munich, se habían convertido en 1895, en un centro de cría de pequeños Bullenbeisser y de otras razas similares, como Doguillos, Bulldogs o Bierboxer, y a raíz de esto se convirtió en la cuna del Boxer aleman.

Este año el club del San Bernardo muniqués accedió a admitir en su exposición una sección específica a prueba reservada para los boxers que tuvo escaso exito en cuanto a participación por la desconfianza de los propietarios, que no veían ventaja en participar en un certamen de este tipo, ya que pensaban que no se valoraría adecuadamente a su perro. Un perro blanco y atigrado llamado Mühlbauers Flocki, hijo de un bulldog blanco propiedad del doctor Toenniessen, logró clasificarse y ha pasado a la posteridad como el primer boxer inscrito en el Libro de Orígenes. Al año siguiente, el 17 de enero de 1896 se fundó el primer club de la raza, el Boxer-Klub Sitz München, y el 29 de marzo celebró su primera exposición, aún con escasa participación. En 1897 se creó un nuevo club, pero en 1904 se reunificó con el anterior, consolidando la institución que en el futuro dirigiría el rumbo de la raza, publicandose el primer "Stammbuch" y el "Boxer Blätter", que fue la primera revista especializada en la raza y aun hoy sigue siendo punto de referencia obligado para los aficionados de todo el mundo.

En 1895 König, Hogner y Roberth redactaron un prototipo racial que se aplicó hasta 1902 en el que ya se fijaban el bayo y el atigrado como los únicos colores característicos. En 1904, tras la reunificación de los dos clubs, se publica el estándar-que incorpora los trabajos anteriores-, inspirado en un perro bayo de sólida y elegante construcción.El club apostó por la armonía, la elegancia y los perros bien proporcionados, bien construidos y de tamaño mediano, resaltando las diferencias con el bulldog. Es curioso comprobar como el color blanco fue predominante entre los primeros ejemplares inscriptos y como fue rápidamente postergado mediante una intensa selección, aunque no enteramente eliminado, ya que hoy siguen siendo frecuentes los nacimientos de cachorros blancos. La cuarta inscripción en el Libro de Origenes corresponde a una perra blanca cuya influencia sobre la evolución de la raza es incuestionable, "Blanca V. Angertor", que fue la primera campeona de la raza.

Sentadas las primeras bases, se plantea a comienzos de siglo, el papel del boxer como perro de protección y policia y sus posibilidades como perro deportivo. La primera prueba oficial se celebró en Suiza el 24 de abril de 1909, en Zürich, con una participación escasa. El 17 de octubre el grupo de Munich celebró su primera prueba de adiestramiento con una participación mucho mas numerosa.